Adapter-Ligation

Wie im Abschnitt zum A-Tailing erklärt, besteht der Zweck des Hinzufügens von Adenin am Ende des DNA-Strangs darin, eine spezifische Paarung mit dem Thymin-Ende des Adapters zu ermöglichen.

Der Adapter ist ein kurzes komplementäres Stück doppelsträngiger DNA (siehe Abbildung unten). Ein Strang hat einen T-Tail 3'-Ende und passt damit zum A-Tail der DNA. So wird sichergestellt, dass einer der beiden Stränge des Adapters (hier in blau und orange) am Ende jedes Strangs der DNA-Probe vorhanden ist.

Funktion von Adaptern

Die Adapter haben wichtige Funktionen beim Next Generation Sequencing:

Primer: Die Adapter dienen als universelle Primer-Andockstelle für die PCR-Amplifikation. Da wir die Sequenz unserer DNA-Probe nicht kennen (das ist ja der Zweck der Sequenzierung!), können wir keine spezifischen Primer für die PCR entwerfen. Die Adapter liefern hier eine bekannte Vorlage für alle verschiedenen DNA-Stränge, so dass wir nur 2 Sätze von Primern verwenden müssen, um alle verschiedenen kleinen DNA-Moleküle in der Probe zu amplifizieren.

Fließzellen-Docker: Die Adapter helfen diesen DNA-Molekülen auch beim Andocken/Anheften an die Fließzelle im Sequenziergerät. Die Fließzelle ist mit vielen kurzen DNA-Molekülen bedeckt, die komplementär zur Adaptersequenz sind. Wenn DNA-Moleküle in die Fließzelle gepumpt werden, binden die Adapter spezifisch an diese fixierten kurzen DNA-Moleküle. Dies ist für die Clusterbildung unerlässlich.