Endenreparatur

Fragmentierte DNA (entweder künstlich fragmentiert oder teilweise abgebaut) haben typischerweise klebrige Enden, was bedeutet, dass ein Strang länger ist als der andere (siehe Abbildung 1). DNA mit klebrigen Enden kann leicht an andere DNA mit komplementären klebrigen Enden ligieren. Um zu verhindern, dass sich DNA mit diesen klebrigen Enden mit anderer DNA paart, müssen wir stumpfe Enden erzeugen (siehe Abbildung 1).

Abbildung 1: DNA mit stumpfen Enden, bei der beide Stränge gleich lang sind, und DNA mit klebrigen Enden, bei der ein Strang länger als der andere ist.

Endenreparatur-Enzyme

Für die Reparatur von DNA mit klebrigen Enden werden in der Regel zwei Enzyme verwendet (siehe Abbildung 2).

• Polymerase: Die Polymerase füllt die fehlenden Basen des Strangs auf von der 5'- zur 3'-Richtung. Die resultierende doppelsträngige DNA hat die gleiche Länge wie der ursprünglich längste DNA-Strang.
• Exonuklease: Die Exonuklease entfernt die 3'-Überhänge. Die resultierende doppelsträngige DNA hat die gleiche Länge wie der ursprüngliche kürzeste DNA-Strang.

Abbildung 2: Die Polymerase fügt Nukleotide in der Richtung 5' → 3' hinzu, und die Exonuklease entfernt Nukleotide an den 3'-Überhängen.

Die Endenreparatur wird bei der NGS-Probenvorbereitung verwendet, und es ist wichtig, stumpfe Enden für den folgenden Adenylierungsschritt zu haben.