Phylogenetik der Proteine
Um die phylogenetische Relation zweier Proteine zu untersuchen, können wir sowohl die Aminosäuresequenz als auch die zugrundeliegende Nukleotidkodierungssequenz abgleichen. Die Funktionalität eines Proteins spiegelt sich in seiner Aminosäuresequenz wider; daher wird die Nukleotidsequenz in der Regel analog zur Übersetzung in die Aminosäuresequenz umgerechnet. Eine Punktmutation in der DNA-Sequenz führt nicht unbedingt zu einer Veränderung der Peptidkette, da mehrere verschiedene Codons in dieselbe Aminosäure übersetzt werden können. Umgekehrt kann eine Einfügung eines einzelnen Nukleotids auf der DNA-Ebene als geringfügige Veränderung erscheinen, auf der Proteinebene kann die Nukleotideinfügung jedoch eine Verschiebung des gesamten Codonmusters bewirken, sodass die Sequenz in eine völlig andere Aminosäuresequenz übersetzt wird. Daher werden die Aminosäuresequenzen der verschiedenen Proteine miteinander verglichen.