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Reparación de extremos

El ADN fragmentado (ya sea fragmentado artificialmente o parcialmente degradado) suele tener extremos cohesivos, lo que implica que una de las cadenas es más larga que la otra (ver figura 1).

Dos hebras de ADN que muestran dos tipos de extremo de ADN. La primera muestra extremos romos y la segunda muestra extremos cohesivos. La primera hebra de ADN presenta la secuencia T, C, C, T en la parte superior, y la secuencia A, G, G, A en la inferior. En el ejemplo del extremo romo, el ADN se corta verticalmente para formar dos trozos. Cada pieza tiene un par de bases T A y un par de bases C G. La segunda cadena de ADN presenta la secuencia G, A, A, T, T, C en la parte superior y la secuencia C, T, T, A, A, G en la inferior. En el ejemplo del extremo romo, el corte comienza entre G y A en la parte superior, sigue verticalmente, luego horizontalmente entre los cuatro pares de bases A T y T A, y luego verticalmente para terminar entre A y G en la parte inferior. De este modo se crean dos trozos. Un trozo de la parte superior, A, A, T, T, y el par de bases C G del extremo. El otro trozo está formado por el par de bases G C inicial y la parte inferior, T, T, A, A.

Figura 1. ADN de extremos romos con ambas hebras de la misma longitud frente a ADN de extremos cohesivos con una hebra más larga que la otra.

El ADN con extremos cohesivos se unirá fácilmente a otro ADN que tenga extremos cohesivos complementarios. Para evitar que el ADN con estos extremos cohesivos se empareje con otro ADN, tenemos que modificarlo para convertirlo en ADN con extremos romos (ver figura 1). Uno de los pasos en la preparación de la muestra de NGS es reparar estos extremos cohesivos y crear ADN con extremos romos. Esto es importante para el siguiente paso: el voladizo A.

Ver también: Enzimas de reparación de extremos

Remitido desde:

Artículo
Secuenciación de nueva generación
Artículo
Ligación del adaptador
Artículo
Cola A
Artículo
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