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Densidad del gel en la PAGE

La densidad del gel de poliacrilamida se ajusta en función de los pesos moleculares previstos para las proteínas que se van a separar. Esta densidad viene determinada por la reacción de polimerización entre la acrilamida y la bisacrilamida. La bisacrilamida forma entrecruzamientos entre dos moléculas de acrilamida, por lo que cuanta más acrilamida se añada a la mezcla, más densa será la matriz que se forme en el gel. Por lo general, la concentración de acrilamida se sitúa entre el 5 % y el 25 %. Los geles con un porcentaje menor son mejores para separar pesos moleculares más altos, ya que los poros de la matriz que se forma son mayores. Los porcentajes más altos de acrilamida se usan para pesos moleculares más bajos, ya que la matriz que se forma tiene poros más pequeños.

Ilustración de tres geles con distintas concentraciones de acrilamida. El de la izquierda tiene una concentración de acrilamida baja; el del centro tiene una concentración media, y el de la derecha, una concentración alta. Hay proteínas de distintos tamaños separándose en todos los geles. El gel con una baja concentración de acrilamida permite que todas las proteínas migren hasta el fondo del gel, por lo que no se separan adecuadamente. En el gel con una concentración media, todas las proteínas están separadas por tamaños: las más grandes están en la parte superior del gel; las medianas, en la zona central, y las más pequeñas, en el fondo del gel. En el caso del gel con alta concentración de acrilamida, todas las proteínas se quedan en la parte superior del gel, ya que su alta densidad no les permite separarse por el gel.

Figura 1. Separación de proteínas en geles de distintas densidades: Separación de proteínas en geles con concentraciones baja, media y alta de acrilamida.