Interacciones huésped-microbio
Los microorganismos están presentes en todos lados y los encuentros entre humanos y microbios son frecuentes. Asimismo, diferentes partes del cuerpo humano son colonizadas por bacterias. Estas bacterias pueden ser perjudiciales o beneficiosas (comensales), o causantes de enfermedades (patógenas). Los patógenos pueden ser transmitidos directa o indirectamente (a través de la ingestión de comida contaminada, el agua o tras tocar superficies contaminadas). Los humanos tienen varias defensas contra la transmisión de microorganismos, como barreras físicas en forma de piel o membranas mucosas, flujo de saliva o mocos para arrastrar microbios, un pH bajo o sales biliares, siendo estas dañinas para los microorganismos. Las bacterias comensales (también conocidas como flora normal, microbiota o colectivamente como microbioma también pueden ayudarnos a protegernos contra patógenos, por medio de su capacidad de inhibición del crecimiento, mediante otros microbios o por medio de la ventaja competitiva que estas tengan en un nicho particular. Finalmente, el sistema inmune permite al huésped iniciar una respuesta defensiva específica para neutralizar una invasión microbiana. Cuando un patógeno supera las defensas del huésped, puede causar una enfermedad infecciosa.