Árboles filogenéticos
Los científicos utilizan una herramienta llamada «árbol filogenético» para mostrar los caminos evolutivos y las conexiones entre organismos o grupos de organismos. Los científicos consideran los árboles filogenéticos una hipótesis del pasado evolutivo, puesto que no se puede volver en el tiempo para confirmar las relaciones propuestas. En otras palabras, puede construirse un «árbol de la vida» que ilustre el momento en que diferentes organismos evolucionaron y que muestre las relaciones entre distintos organismos.
Figura 1: Ambos árboles filogenéticos muestran la relación entre los tres dominios de la vida (Bacteria, Arquea y Eukarya); el árbol enraizado de la izquierda intenta identificar el momento en que varias especies se separaron de un ancestro común, mientras que el árbol no enraizado de la derecha no lo hace. (Fuente: modificación de un fragmento del trabajo de Eric Gaba)
A diferencia de un diagrama de clasificación taxonómica, un árbol filogenético puede leerse como un mapa de la historia de la evolución. Muchos árboles filogenéticos tienen un solo linaje en la base, que representa un ancestro común. Los científicos llaman a estos árboles «enraizados», lo que significa que hay un solo linaje ancestral (que normalmente se representa desde la parte de abajo o de la izquierda) con el que están relacionados todos los organismos representados en el diagrama. Nótese que, en el árbol filogenético enraizado, los tres dominios (Bacteria, Arquea y Eukarya) se separan de un punto común. La pequeña rama que las plantas y los animales (incluidos los humanos) ocupan en este diagrama muestra lo recientes y minúsculos que son estos grupos comparados con otros organismos. Los árboles no enraizados no muestran un ancestro común, pero sí las relaciones entre especies.
Puede asumirse fácilmente que los organismos con una relación más cercana se parecen más, pero, aunque suele ser el caso, no siempre es así. Si dos linajes íntimamente relacionados evolucionan bajo medios significativamente distintos, o tras el desarrollo de una adaptación nueva importante, es posible que los dos grupos se parezcan menos que otros grupos que no están íntimamente relacionados, pero que se parecen debido a una evolución convergente.
Otra característica de los árboles filogenéticos es que, a menos que se indique lo contrario, las ramas no indican la cantidad de tiempo, sino solo el orden evolutivo. En otras palabras, una rama larga no tiene por qué significar que haya pasado más tiempo, ni una corta que haya pasado menos, a menos que se especifique otra cosa en el diagrama.