Análisis filogenético de las proteínas
Para estudiar la liberación filogenética de dos proteínas podemos alinear la secuencia de aminoácidos, así como la secuencia codificante de nucleótidos subyacente. La funcionalidad de una proteína se refleja en su secuencia de aminoácidos; por lo tanto, la secuencia de nucleótidos se convierte habitualmente en la secuencia de aminoácidos análoga a la traducción. Una mutación puntual en la secuencia de ADN no conduce necesariamente a un cambio en la cadena de péptidos porque varios codones diferentes pueden traducirse en el mismo aminoácido. Por el contrario, la inserción de un solo nucleótido puede aparecer como un cambio menor en el nivel del ADN; sin embargo, en el nivel de la proteína, la inserción del nucleótido puede causar un cambio en todo el patrón del codón y, por lo tanto, la secuencia se traducirá en una secuencia de aminoácidos completamente diferente. Por tanto, las secuencias de aminoácidos de las diferentes proteínas se comparan entre sí.