Secuenciación de extremo único frente a extremos emparejados

Secuenciación de extremo único

Como su nombre sugiere, la secuenciación de extremo único consiste en un proceso de secuenciación en una sola dirección. Como ya se ha descrito en el apartado de generación de clústeres, tras la amplificación por PCR de puente obtenemos dos tipos de moléculas de ADN que son complementarias y debemos eliminar una de ellas. Luego, secuenciamos el ADN restante que está en la misma dirección. Secuenciar solo este ADN (el que está en la misma dirección) se llama secuenciación de extremo único.

Secuenciación de extremos emparejados

En la secuenciación de extremos emparejados, el ADN se secuencia en ambas direcciones (ver figura 1). El proceso es idéntico al de la secuenciación de extremo único, pero tras el final del proceso de secuenciación, se ejecuta otra ronda de generación de clústeres y se eliminan las cadenas con la dirección que se ha secuenciado anteriormente (el ADN con adaptadores azules). Por lo tanto, al final solo queda el ADN con adaptadores morados. Este ADN tiene la secuencia complementaria del primer ADN.

Gracias a la secuenciación de extremos emparejados se pueden detectar variantes estructurales en el genoma de manera más fiable, ya que se cubre más parte de la secuencia y se alinea el genoma de forma más específica en comparación con la secuenciación de extremo único, en la que solo se secuencia un extremo del fragmento de ADN. Cuando se secuencian fragmentos de ADN largos, es preferible utilizar la secuenciación de extremos emparejados. También es mejor utilizar la secuenciación de extremos emparejados en el caso de querer estudiar deleciones, mutaciones o reordenamientos cromosómicos.

Figura 1: La secuenciación de extremos emparejados implica que la secuenciación se realiza en ambas direcciones. Es necesario ejecutar otra ronda de generación de clústeres para invertir el ADN.