La ligature des adaptateurs

Comme expliqué dans l'adénylation des fragments d'ADN, l'ajout d'adénine à l'extrémité du brin d'ADN permet un appariement spécifique avec la queue thymine de l'adaptateur.

L'adaptateur est un petit morceau complémentaire d'ADN double brin (voir figure ci-dessous). L'un des brins a une queue en T à l'extrémité 3', ce qui correspond à l'extrémité A sortante de l'ADN et garantit que l'un des deux brins de l'adaptateur (ici en bleu et orange) sera présent à l'extrémité de chaque brin de l'échantillon d'ADN.

Les fonctions des adaptateurs

Les adaptateurs ont des fonctions importantes dans le séquençage de nouvelle génération :

Amorces : les adaptateurs font office de site d'amorçage universel pour l'amplification par PCR. Comme nous ne connaissons pas la séquence de notre échantillon d'ADN (c'est le but du séquençage !), nous ne pouvons pas concevoir des amorces spécifiques pour la PCR. Les adaptateurs offrent un modèle connu pour tous les différents brins d'ADN, de sorte que nous n'avons besoin que de 2 jeux d'amorces pour amplifier toutes les différentes petites molécules d'ADN de l'échantillon.

Fixation à la lame de verre : les adaptateurs participent également à la fixation de ces molécules d'ADN sur la lame de verre de la machine de séquençage. La lame de verre est recouverte de nombreuses molécules d'ADN courtes qui sont complémentaires de la séquence de l'adaptateur. Lorsque les molécules d'ADN sont injectées dans la lame de verre, les adaptateurs se lient spécifiquement à ces courtes molécules d'ADN fixes. Cet élément est essentiel pour que la génération d'amas ait lieu.