L'identification biochimique
Des organismes étroitement apparentés peuvent être différenciés en utilisant une série de tests biochimiques qui identifient diverses propriétés métaboliques des différentes espèces bactériennes.
Tableau 1: Exemples de tests biochimiques utilisés pour identifier les bactéries
| Test biochimique | Fonction | |
|---|---|---|
| Motilité | Identifie la capacité de la bactérie à se déplacer (cellule flagellée). | |
| Oxydase | Démontre la capacité de la bactérie à produire du cytochrome-c oxydase, donc la capacité à réduire l'oxygène. | |
| Fermentation du glucose | Détermine la capacité d'une bactérie à fermenter le sucre glucose, et à convertir l'acide pyruvique en sous-produits gazeux. | |
| Nitrate | Détermine la capacité d'une bactérie à produire l'enzyme nitratase, donc sa capacité à transformer le nitrate en nitrite. | |
| Thioglycollate fluide | Montre l'utilisation de l'oxygène. | |
| Urée | Détermine la capacité d'une bactérie à produire l'enzyme uréase, donc sa capacité à hydrolyser l'urée. | |
| Bouillon tryptone/indole | Détermine la capacité d'une bactérie à produire l'enzyme tryptophanase. | |
| MR-Methyl Red | Indicateur de pH faible. Détermine la capacité de fermentation des bactéries. | |
| VP- Voges Proskauer | Détermine la capacité d'une bactérie à produire de l'acétoine. | |
| Simmons citrate slant | Démontre la capacité des bactéries Gram-négatives à utiliser le citrate comme source d'énergie. |
Il existe des milieux spécialisés qui combinent différentes méthodes d'identification biochimique pour identifier spécifiquement certains genres de bactéries. Par exemple, la gélose Salmonella Shigella permet aux scientifiques de tester efficacement un échantillon pour la contamination par Salmonella.
Le principal inconvénient des méthodes d'identification biochimique est qu'elles ne peuvent être utilisées que pour les organismes qui peuvent être cultivés in vitro. Si un micro-organisme ne peut pas être cultivé, il faut utiliser des méthodes moléculaires pour l'identifier.