Réaliser la réparation finale des fragments d'ADN

L'ADN fragmenté (fragmenté artificiellement ou partiellement dégradé) a généralement des extrémités collantes, ce qui implique qu'un brin est plus long que l'autre (voir figure 1). L'ADN à extrémités collantes se lie facilement à d'autres ADN à extrémités collantes complémentaires. Pour empêcher l'ADN avec ces extrémités collantes de se coupler à d'autres ADN, nous devons créer des extrémités émoussées (voir la figure 1).

Figure 1 : ADN à bouts arrondis dont les deux brins ont la même longueur et ADN à bouts collants dont un brin est plus long que l'autre.

Les enzymes de réparation des extrémités

Deux enzymes sont généralement utilisées pour réparer l'ADN à extrémités collantes (voir figure 2).

• La polymérase : La polymérase remplit les bases manquantes pour le brin de la direction 5' vers la direction 3'. L'ADN double brin qui en résulte sera de la même longueur que le plus long brin d'ADN d'origine.

• L'exonucléase : L'exonucléase supprime les dépassements de 3'. L'ADN double brin résultant sera de la même longueur que le brin d'ADN le plus court d'origine.

Figure 2 : La polymérase ajoutant des nucléotides dans le sens 5' → 3', et l'exonucléase supprimant les nucléotides au niveau des surplombs 3'.

La réparation des extrémités est utilisée dans la préparation des échantillons de NGS et il est essentiel d'avoir des extrémités émoussées pour l'étape suivante de l'adénylation.