Les colorants fluorescents
Les colorants fluorescents sont des fluorophores qui se lient à des structures cellulaires spécifiques.
Les fluorophores suivants sont fréquemment utilisés comme colorants fluorescents :
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Le DAPI
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Les cyanines CY3 et CY5
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Les rhodamines
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L'isothiocyanate de fluorescéine (FITC)
Dans de nombreux cas, il n'existe pas de molécule fluorescente qui se lie spécifiquement à la structure cellulaire à marquer. Par conséquent, les molécules fluorescentes sont liées à une autre molécule qui se lie spécifiquement à l'élément cellulaire à observer. Par exemple, la phalloïdine, une molécule hautement toxique provenant d'un champignon, se lie au cytosquelette d'actine, empêche sa dépolarisation et tue ainsi la cellule. On peut exploiter sa forte spécificité vis-à-vis des filaments d'actine pour colorer le cytosquelette en réticulant chimiquement la phalloïdine avec un fluorophore tel que la rhodamine.