La fragmentation

L'une des limites du séquençage de nouvelle génération est la longueur de l'échantillon d'ADN. La technologie Illumina actuelle peut séquencer jusqu'à 250 pb, alors que notre génome est beaucoup plus long que cela. Par exemple, le chromosome 1 (le plus long), comprend presque 250 millions de pb. Par conséquent, lors de la préparation de l'échantillon SNG (pour Sequençage de Nouvelle Génération), l'ADN doit être fragmenté au cours d'un processus communément appelé étape de fragmentation.

Les échantillons d'ADN plus courts, comme par exemple l'ADN fossile, n'ont pas besoin d'être fragmentés car ils sont déjà partiellement dégradés en environ 50 pb. Un autre exemple est l'ADNc généré à partir de miARN (micro ARN), qui est également très court.

Il y a deux façons de fragmenter l'ADN

La fragmentation par sonication :

Dans la sonication, l'ADN est fragmenté en l'exposant à des ondes sonores (généralement des ultrasons). Lorsqu'une onde sonore puissante frappe le brin d'ADN, elle provoque des cassures double brin qui découpent le long brin d'ADN en brins plus petits. Pour obtenir une taille d'ADN spécifique, il faut ajuster la puissance des ondes sonores et la durée d'exposition.

La fragmentation enzymatique :

Les longs brins d'ADN peuvent également être fragmentés à l'aide de réactions enzymatiques. Différentes enzymes sont capables de couper les brins d'ADN, soit en ciblant des séquences spécifiques soit de manière aléatoire.