L'électrophorèse sur gel

L'électrophorèse sur gel est une méthode utilisée pour séparer des macromolécules chargées de différentes tailles et estimer leur longueur.

L'électrophorèse sur gel est souvent utilisée pour séparer des fragments d'ADN amplifié par PCR :

L'échantillon est chargé dans de petits puits à une extrémité d'un gel d'agarose. Un courant électrique est appliqué au gel, l'électrode positive étant positionnée à l'extrémité opposée aux puits. L'ADN chargé négativement se déplace à travers le gel vers l'électrode positive. Les molécules d'ADN plus petites se déplacent plus rapidement à travers le gel que les molécules d'ADN plus grandes, ce qui entraîne une séparation de taille. Après l'électrophorèse, l'ADN est visualisé et apparaît sous forme de bandes dérivées de fragments d'ADN de même longueur. Seule une grande quantité d'ADN (des millions de copies) peut être visualisée avec cette méthode. Une "échelle d'ADN" contenant un mélange de fragments d'ADN de tailles connues est également chargée sur le gel. Les tailles des échantillons d'ADN peuvent être estimées en comparant la distance avec l'échelle d'ADN (figure 1).

Figure 1 : Des fragments de différentes longueurs provenant d'une réaction PCR sont passés sur un gel. Les fragments se déplaceront à une vitesse et une distance relatives à leur taille : les molécules d'ADN plus petites se déplaceront dans le gel plus rapidement et plus loin que les molécules d'ADN plus longues.

En mélangeant le produit PCR avec un tampon de chargement, nous pouvons visualiser la distance parcourue par le produit PCR pendant l'électrophorèse sur gel. Le tampon de chargement est également utile pour alourdir l'échantillon, afin qu'il descende au fond du gel.

Il existe de nombreuses compositions de tampon de chargement, mais elles contiennent généralement les produits chimiques suivants :

• Réactif de coloration, par exemple, le cyanol de xylène, le rouge de crésol, le bleu de bromophénol, ou l'orange G.

Cela ajoutera de la couleur à l'échantillon et vous aidera à visualiser la position de l'échantillon sur le gel d'agarose.

• Réactif à haute viscosité, par exemple, Ficoll, saccharose ou glycérol.

Cela rendra l'échantillon plus lourd en augmentant la viscosité globale de l'échantillon.

• De l'eau pour diluer les réactifs mentionnés ci-dessus.