L'analyse de l'électrophorèse sur gel
Après l’électrophorèse, les différents fragments sont visualisés sous forme de bandes à des distances spécifiques du haut du gel (l’extrémité de l’électrode négative) en fonction de leur taille. Il est possible d'estimer les tailles des échantillons d’acide nucléique en comparant la distance avec les échantillons standard de masse moléculaire (également appelés échelle d'ADN).
Chaque fragment constituera une bande dans le gel. Un mélange de fragments de diverses tailles prend la forme d'une longue trace. Si les fragments sont trop grands, comme dans le cas de l'ADN génomique non coupé, ils formeront une seule grande bande en haut du gel.
Figure 1 : Une expérience d'électrophorèse sur gel terminée avec 5 échantillons et l'échelle d'ADN à droite. On peut déterminer la taille des bandes dans les échantillons à l'aide de l'échelle d'ADN.
Les plasmides circulaires se déplacent à différentes vitesses selon leur conformation (entaillé, linéaire, liée par covalence, superenroulé ou circulaire simple brin). Un plasmide superenroulé se déplace plus rapidement car il a moins de friction contre la matrice d'agarose qu'un plasmide entaillé ou linéaire.
Pour isoler un fragment spécifique, vous pouvez couper le gel et extraire l'ADN.