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L'électrophorèse sur gel

L'électrophorèse sur gel est une méthode utilisée en laboratoire pour séparer des fragments d'ADN de différentes tailles. Il est ensuite possible d'estimer la taille de ces fragments à l'aide d'une "échelle d'ADN" de référence.

De l'ADN, tel qu'un produit de PCR, est chargé dans de petits puits à une extrémité d'un bloc de gel. Ensuite, un courant électrique est appliqué au gel (l'électrode positive opposée aux puits). L'ADN étant chargé négativement, il se déplace à travers le gel vers l'électrode positive. Comme les petites molécules d'ADN se déplacent plus rapidement à travers le gel que les grosses, elles se séparent selon leur taille. Après l'électrophorèse, l'ADN est visualisé et apparaît sous forme de bandes en-dessous de chaque puits. Il est seulement possible de visualiser une grande quantité d'ADN (des millions de copies). Une échelle d'ADN contenant un mélange de fragments d'ADN de taille connue est également chargée sur le gel, ce qui permet d'estimer les tailles des échantillons d'ADN en les comparant avec l'échelle d'ADN (figure 1).

Figure 1 : Des fragments de différentes longueurs provenant d'une réaction PCR sont disposés sur un gel. Les fragments se déplacent à une vitesse et une distance relatives à leur taille : les molécules d'ADN courtes se déplacent plus rapidement et plus loin dans le gel que les longues. Étapes de l'électrophorèse sur gel. Deux images présentant l'appareil d'électrophorèse sur gel sous forme d'un rectangle bleu aligné avec des bandes en haut et un gel d'agarose en bas, à un temps de 0 min et de 45 min. La cathode est placée au-dessus de l'appareil où les échantillons sont chargés, et l'anode en-dessous. Les deux sont connectées à l'alimentation électrique. Dans la première étape, les échantillons d'ADN sont chargés sur le dessus de l'appareil rectangulaire. Dans la deuxième étape, un champ électrique est appliqué. Dans la troisième étape, la séparation de l'ADN a lieu comme on peut le voir sur la droite où des petites bandes horizontales courtes se trouvent à différentes hauteurs à l'intérieur du rectangle bleu. La quatrième étape est la transillumination UV et la documentation.

En mélangeant le produit PCR avec le tampon de chargement, nous pouvons visualiser la distance parcourue par le produit PCR pendant l'électrophorèse sur gel. Le tampon de chargement est également utile pour rendre l'échantillon plus lourd de sorte que lorsque vous le pipettez sur le gel, l'échantillon coule au fond du gel.

There are many compositions for loading buffer; however, it will typically contain the following:

Il existe de nombreuses compositions de tampon de chargement, mais il contient généralement les éléments suivants :

  • Réactif de coloration, par exemple, du cyanol de xylène, du rouge de crésol, du bleu de bromophénol ou de l'orange G. Cela ajoutera de la couleur à l'échantillon et vous aidera à visualiser sa position sur le gel d'agarose.

  • Réactif à haute viscosité, par exemple, du Ficoll, du saccharose ou du glycérol. Cela rendra l'échantillon plus lourd en augmentant sa viscosité globale.

  • Eau pour diluer les réactifs susmentionnés.

PCR

L'analyse de liaison

Aperçu de la théorie