L'interaction hôte-pathogène

Les micro-organismes sont présents partout et les rencontres entre les humains et les microbes sont fréquentes. Différentes parties du corps humain sont d'ailleurs colonisées par des bactéries. Ces bactéries peuvent être inoffensives ou bénéfiques (commensales), ou causer des maladies (pathogènes). Les agents pathogènes peuvent être transmis directement ou indirectement (en ingérant des aliments, en buvant de l'eau contaminée ou en touchant des surfaces contaminées).

L'être humain dispose de divers moyens de défense contre la transmission des micro-organismes : la peau ou les muqueuses constituent des barrières physiques, le flux de salive ou de mucus emportent les microbes, et un pH faible ou les sels biliaires endommagent les micro-organismes. Les bactéries commensales (également connues sous le nom de flore normale, de microbiote ou collectivement appelées microbiome) peuvent également contribuer à la protection contre les agents pathogènes en inhibant la croissance d'autres microbes, ou en inhibant l'avantage concurrentiel dont elles disposent dans une niche particulière.

Le système immunitaire permet finallement à l'hôte d'initier une réponse protectrice spécifique pour neutraliser une invasion microbienne. Lorsqu'un agent pathogène brise les défenses de l'hôte, il peut provoquer une maladie infectieuse.