Les microsatellites
Les microsatellites sont de courtes séquences d'ADN répétées avec deux à six paires de bases. Le nombre de répétitions peut varier selon les individus : elles représentent les différents allèles. Par exemple, l'allèle 1 a quatre répétitions, l'allèle 2 a cinq répétitions, l'allèle 3 a six répétitions, et ainsi de suite. Les PSN peuvent également être utilisés comme marqueurs dans la liaison. En revanche, il n'existe que deux allèles pour les PSN. Puisqu'il y a plus de variabilité dans les microsatellites que dans les PSN, il est plus facile de réaliser une analyse de liaison génétique en utilisant des microsatellites.
L'un des exemples les plus courants de microsatellites est (CA)n, n représentant le nombre de répétitions de CA. Le nombre de répétitions peut varier entre trois et 100, ce qui crée un nombre élevé d'allèles qui sont présents dans la population. Rappelez-vous que ce nombre est présent dans la population et non dans l'individu ! Nous n'avons que deux copies de chromosomes, ce qui signifie que nous n'avons que deux allèles différents dans nos cellules. Lorsqu'un individu possède deux allèles différents, par exemple (CA)10 et (CA)15, on dit qu'il est hétérozygote pour le microsatellite. En revanche, lorsqu'un individu ne possède qu'un seul allèle sur les deux chromosomes, on dit qu'il est homozygote pour le microsatellite. On peut analyser le génotype du microsatellite en l'amplifiant à l'aide de la PCR et en analysant la longueur (le nombre de répétitions) à l'aide d'une électrophorèse sur gel.