La phylogénétique des protéines
Pour étudier la relation phylogénétique entre deux protéines, nous pouvons aligner la séquence d'acides aminés ainsi que la séquence nucléotidique codante sous-jacente. La fonctionnalité d'une protéine se reflète dans sa séquence d'acides aminés. Par conséquent, la séquence nucléotidique est généralement convertie dans la séquence d'acides aminés analogue à la conversion. Une mutation ponctuelle dans la séquence ADN ne modifie pas nécessairement la chaîne peptidique car différents codons peuvent être convertis en un même acide aminé. À l'inverse, l'insertion d'un seul nucléotide peut sembler n'être qu'une modification mineure au niveau de l'ADN, mais au niveau de la protéine, cela peut décaler l'ensemble du codon et convertir la séquence en une séquence complètement différente. Les séquences d'acides aminés des différentes protéines sont donc comparées entre elles.