Les gènes de référence

Également appelés gènes domestiques, ce sont généralement des gènes essentiels pour la cellule, car ils sont nécessaires aux fonctions cellulaires de base. Les gènes de référence sont censés être exprimés à des niveaux relativement constants dans la plupart des cellules d'un organisme dans des conditions normales et pathologiques.

Les différences de niveau d'expression de l'ARN entre deux échantillons peuvent être le résultat d'une véritable variation biologique ou d'une variation technique. Il est très important de réduire au maximum la variation technique en utilisant une normalisation appropriée à des gènes de référence prouvés de manière stable. Cette procédure permettra une meilleure appréciation de la véritable variation biologique. Les gènes de référence sont utilisés pour normaliser les données de la qPCR. En fait, de nombreux facteurs peuvent contribuer à la variabilité de l'analyse des échantillons, mais elle est généralement liée à l'efficacité de la transcription inverse pour chaque échantillon. Plus il reste de contaminants dans votre échantillon d'ARN, moins la réaction de transcription inverse est efficace, et cet effet varie entre vos échantillons.

Les gènes de référence peuvent varier en fonction des conditions expérimentales, c'est pourquoi vous devez toujours en tester plusieurs et évaluer ceux qui sont les plus stables dans vos paramètres. Les gènes de référence typiques sont la GAPDH (Glycéraldéhyde 3-phosphate déshydrogénase) et l'ACTB (le gène qui codifie la bêta-actine). Il existe plusieurs programmes qui peuvent tester la stabilité des gènes de référence potentiels (par exemple GeNorm, NormFinder). Ces programmes peuvent être utilisés pour choisir les 2 ou 3 meilleurs gènes de référence pour votre projet.