Le séquençage simple et le séquençage à extrémité appariée

Le séquençage simple

On parle de séquençage simple lorsque ce processus n'est effectué que dans un seul sens. Comme nous l'avons vu précédemment dans la section sur la génération d'amas après l'amplification PCR en pont, nous avons deux types de molécules d'ADN complémentaires et nous en avons éliminé une par lavage. Nous séquençons ensuite l'ADN restant qui a le même sens. Si nous ne séquençons que cet ADN (tous ayant le même sens), on parle de séquençage simple.

Le séquençage à extrémité appariée

Dans le séquençage à extrémité appariée, l'ADN est séquencé dans les deux sens (voir figure 3). La première partie de ce processus est identique au séquençage simple, puis nous poursuivons en effectuant une nouvelle génération d'amas et en retirant les brins dont le sens est celui de la séquence précédente (l'ADN aux adaptateurs bleus). Par conséquent, il ne reste donc que l'ADN aux adaptateurs violets qui a la séquence complémentaire du premier ADN.

Le séquençage à extrémité appariée permet de détecter les variants structurels du génome avec une plus grande confiance que le séquençage simple qui ne fait intervenir qu'une seule extrémité du fragment d'ADN. En effet, on dispose d'une couverture de séquence et d'une spécificité accrue lors de l'alignement sur le génome. Le séquençage à extrémité appariée est préférable pour séquencer des fragments d'ADN longs ainsi que pour l'étude des délétions, des mutations et des réarrangements chromosomiques.

Figure 1 : Le séquençage à extrémité appariée implique un séquençage dans les deux sens. L'ADN doit être inversé en effectuant un nouveau cycle de génération d'amas.