Analyse der Gelelektrophorese
Nach der Elektrophorese werden die unterschiedlichen Fragmente als Banden dargestellt. Die Fragmente sind während der Elektrophorese unterschiedlich weit vom oberen Ende des Gels (dem Minuspol) in Richtung des Pluspols gewandert, abhängig von ihrer Größe. Die Größe der Nukleinsäuren kann dann mit Hilfe einer Standardprobe mit bekanntem molekularem Gewicht, der DNA-Leiter, verglichen und ihre Größe abgeschätzt werden.
Jedes Fragment wird eine Bande im Gel darstellen. Eine Mischung aus Fragmenten, die sich in der Größe unterscheiden, führt zu einem langen Schmier im Gel. Wenn die Fragmente zu groß sind, zum Beispiel genomische, ungeschnittene DNA, werden sie als eine einzige Bande am oberen Rand des Gels zu sehen sein.
Abbildung 1: Eine abgeschlossene Gel-Elektrophorese mit 5 Proben und der DNA-Leiter auf der rechten Seite. Die DNA-Leiter kann verwendet werden, um die Größe der Banden der Proben im Gel abzuschätzen.
Kreisförmige Plasmide bewegen sich mit unterschiedlicher Geschwindigkeit durch das Gel, abhängig von ihrer Konformation (gefaltet, linear, kovalent gebunden, supercoiled und kreisförmig einzelsträngig). Ein Plasmid das im supercoiled Zustand vorliegt, bewegt sich schneller durch das Gel, da es weniger Widerstand im Agarosegel erfährt, als ein gefaltetes oder linear vorliegendes Plasmid.
Wenn du ein spezifisches Fragment aus dem Gel isolieren willst, kannst du es aus dem Gel ausschneiden und die DNA extrahieren.