Die Gelextraktion wird durchgeführt, um Nukleinsäure-Fragmente von Interesse aus einem Agarosegel zu gewinnen.

Der erste Schritt ist das Herausschneiden des Agarosegels, das das Fragment der gewünschten Größe enthält. Das Gel wird dann in eine Aufreinigungssäule gegeben, die eine Silika-Membran enthält. Dann wird ein Bindungspuffer, der ein chaotropes Mittel enthält, hinzugefügt, um das Agarosegel aufzulösen, die Proteine zu denaturieren und die DNA-Bindung an die Silika-Membran zu fördern. Um den Auflösungsprozess des Gels zu fördern, wird die Mischung bei 55-60oC inkubiert. Sonstige verbleibende Reste werden mit dem Waschpuffer entfernt. Der letzte Schritt ist die Zugabe des Elutionspuffers, um die gereinigte DNA von der Aufreinigungssäule zu eluieren.