Cy3 e Cy5

I coloranti fluorescenti Cy3 e Cy5 si legano al DNA. Sono sensibili alla luce e dovrebbero essere conservati e utilizzati il più possibile al buio. Pertanto le fasi di marcatura vengono eseguite utilizzando tubi scuri per prevenire la perdita di segnale dovuta allo sbiancamento del colorante.

Le molecole Cy3 e Cy5 interagiscono con il DNA utilizzando un sistema di collegamento universale (ULS), che utilizza uno speciale composto di platino. Il composto di platino ha due siti di legame liberi. Il primo sito di legame si lega a un gruppo marcatore, che è il composto di cianina (Cy3 e Cy5) formando un complesso Cy ULS. Il secondo sito di legame collega il complesso alla purina di un DNA o RNA a singolo filamento, a doppio filamento, lineare o superavvolto.