Riparazione delle estremità

Il DNA frammentato (sia quello frammentato artificialmente che quello parzialmente degradato) solitamente presenta delle estremità coesive sporgenti; ciò implica che un filamento è più lungo dell'altro (vedi Figura 1). Il DNA con estremità coesive si legherà facilmente ad altri DNA con estremità sporgenti complementari. Per impedire che il DNA con queste estremità coesive si appai con altri DNA, è necessario creare delle estremità tronche (vedi Figura 1).

Figura 1: Confronto tra DNA con estremità tronche (con entrambi i filamenti della stessa lunghezza) ed estremità coesive (con un filamento più lungo degli altri).

Enzimi per la riparazione delle estremità

Di solito vengono utilizzati due enzimi per la riparazione del DNA con estremità coesive (vedi Figura 2).

• Polimerasi: la polimerasi inserisce le basi mancanti nel filamento, procedendo dall'estremità 5' verso l'estremità 3'. Il DNA a doppio filamento che ne risulta sarà della stessa lunghezza del filamento di DNA originale.
• Esonucleasi: questo enzima rimuove le estremità coesive sporgenti in corrispondenza dell'estremità 3'. Il DNA a doppio filamento che ne risulta sarà della stessa lunghezza del filamento singolo più corto del DNA originario.

Figura 2. La polimerasi aggiunge nucleotidi nella direzione 5' → 3', mentre l'esonucleasi rimuove i nucleotidi alle estremità 3'.

La riparazione delle estremità viene usata nella preparazione dei campioni per il NGS ed è fondamentale per disporre di estremità tronche per la successiva fase di adenilazione.