Procedura dell'elettroforesi su gel
Nell'elettroforesi su gel, un elettrodo positivo è posizionato a un'estremità dello strato di gel e un anodo negativo sull'altra. Lo strato di gel include piccoli pozzetti in un'estremità, dove vengono caricati i frammenti di DNA e la miscela di reagenti (Fase 1, Figura 1).
Il DNA è caricato negativamente. Quando il gel è attraversato da una corrente, il DNA si muove attraverso i pori del gel verso l'elettrodo positivo (Fase 2, Figura 1). Le molecole di DNA più piccole si muovono più velocemente attraverso il gel rispetto alle molecole di DNA più grandi, portando alla separazione in base alle dimensioni. Questa differenza nella velocità di migrazione separa i frammenti in base alle dimensioni (Fase 3, Figura 1).
Dopo l'elettroforesi, il DNA viene visualizzato e appare come "bande" di frammenti di DNA raggruppati della stessa lunghezza. Solo una grande quantità di DNA (milioni di copie) può essere visualizzata con questo metodo (Passo 4, Figura 1).
Le dimensioni dei campioni di DNA possono essere stimate confrontando la distanza con la scala di DNA ("marcatore generico" nella Fig.1).
Figura 1. Frammenti di diverse lunghezze da una reazione PCR vengono fatti scorrere su un gel. I frammenti si muovono ad una velocità e ad una distanza in base alla loro dimensione: le molecole di DNA più piccole si muovono nel gel più velocemente e più lontano rispetto alle molecole di DNA più lunghe.