Preparazione elettroforesi su gel
Per eseguire un esperimento di elettroforesi su gel occorre quanto segue:
- Matrice gelatinosa semisolida e porosa
- Campione di DNA o RNA
- Buffer di caricamento
- Colorante
- Campioni di peso molecolare standard o "scale"
Matrice gelatinosa semisolida e porosa: generalmente un gel di agarosio o poliacrilammide. Nel laboratorio virtuale questo gel è già preparato all'interno della macchina per l'elettroforesi su gel.
Campione di DNA o RNA: DNA o RNA isolato e trattato, in quantità sufficiente per essere visibile in un esperimento di elettroforesi su gel.
Buffer di caricamento: il buffer di caricamento contiene un reagente colorato che aiuta a visualizzare la distanza percorsa dal DNA o dall'RNA durante l'elettroforesi su gel. Il buffer di caricamento rende anche il campione più pesante, quindi affonderà sul fondo del gel.
In genere contiene le seguenti sostanze chimiche:
- Reagente colorante, per esempio cianolo di xilene, rosso cresolo, blu di bromofenolo o arancio G
- Reagente ad alta viscosità, per esempio Ficoll, saccarosio o glicerolo per rendere il campione più viscoso e pesante
- Acqua per diluire i reagenti sopra elencati
Colorante: coloranti fluorescenti o colorati che si legano agli acidi nucleici vengono aggiunti alla miscela del gel durante la preparazione. In alternativa, il gel può essere immerso in una soluzione colorante dopo che l'elettroforesi è stata completata.
Campioni di peso molecolare standard: Questi vengono eseguiti insieme al campione di DNA o RNA per fornire un riferimento dimensionale. Sono anche conosciuti come "scale".