Interazione ospite-microbo
I microrganismi si trovano ovunque e le occasioni di incontro tra esseri umani e microbi sono frequenti. Per di più, diverse parti del corpo umano sono colonizzate da batteri. Tali batteri possono essere innocui o benefici (commensali), o portatori di malattie (patogeni). Gli agenti patogeni possono essere trasmessi direttamente o indirettamente (attraverso l'ingestione di cibo o acqua contaminati o toccando superfici contaminate). Gli esseri umani dispongono di numerose difese per impedire la trasmissione di microrganismi, come la pelle o le mucose come barriere fisiche, la saliva o il muco per portare via i microbi o il pH basso o i sali biliari, che danneggiano i microrganismi. I batteri commensali (noti anche come flora, microbiota o collettivamente come microbioma) possono anche aiutare a proteggere contro gli agenti patogeni inibendone la crescita o altri microbi o il vantaggio competitivo che hanno in una particolare nicchia. Da ultimo, il sistema immunitario permette all'ospite di avviare una risposta protettiva specifica per neutralizzare un'invasione microbica. Quando un patogeno rompe le difese dell'ospite, può causare delle malattie infettive.