L'analisi filogenetica delle proteine
Per studiare la relazione filogenetica tra due proteine, bisogna allineare sia la sequenza di aminoacidi che la sottostante sequenza codificante di nucleotidi. La funzionalità di una proteina si riflette nella sua sequenza aminoacidica; la sequenza di nucleotidi viene quindi di norma convertita nella sequenza di aminoacidi, in modo analogo alla traduzione. Una mutazione puntiforme nella sequenza del DNA non porta necessariamente a un cambiamento nella catena peptidica, perché svariati codoni diversi possono essere tradotti nello stesso aminoacido. Al contrario, l'inserimento di un singolo nucleotide potrebbe apparire come un cambiamento minore a livello del DNA; tuttavia, a livello della proteina, l'inserimento del nucleotide può causare uno spostamento dell'intero schema di codoni e quindi la sequenza verrà tradotta in una sequenza di aminoacidi completamente diversa. In questo modo si confrontano le sequenze di aminoacidi delle diverse proteine.