Sequenziamento a singola estremità vs. a coppia

Sequenziamento a singola estremità

Come suggerisce il nome, il sequenziamento a singola estremità è quando il processo di sequenziamento viene eseguito solo da una singola direzione. Come abbiamo discusso prima nella generazione di cluster, dopo l'amplificazione PCR a ponte, abbiamo due tipi di molecole di DNA che sono complementari tra loro, e abbiamo lavato via una di esse. Poi sequenziamo il DNA rimanente che ha la stessa direzione. Il sequenziamento del DNA nella stessa direzione viene chiamato sequenziamento a singola estremità.

Sequenziamento a coppia

Nel sequenziamento a coppia, il DNA viene sequenziato da entrambe le direzioni (vedi figura 3). Il processo è identico al sequenziamento a singola estremità, ma dopo la fine del processo di sequenziamento, si continua eseguendo un altra sequenza di generazione di cluster rimuovendo i filamenti con la direzione che abbiamo sequenziato in precedenza (il DNA con adattatori blu). Pertanto rimane solo il DNA che ha adattatori viola. Questo DNA ha la sequenza complementare del primo DNA.

Quando utilizziamo il sequenziamento a coppia, possiamo rilevare varianti strutturali nel genoma con maggiore sicurezza perché abbiamo una maggiore copertura della sequenza e una maggiore specificità quando ci riallineiamo al genoma rispetto al sequenziamento singola estremità, che coinvolge solo un'estremità del frammento di DNA. Quando si sequenziano lunghi frammenti di DNA, è preferibile utilizzare il sequenziamento a coppia. È anche preferibile utilizzarlo quando vogliamo studiare cancellazioni, mutazioni o riarrangiamenti cromosomici.

Figura 1. Il sequenziamento a coppia implica che il sequenziamento viene eseguito da entrambe le direzioni. Il DNA deve essere capovolto eseguendo un'altra generazione di cluster.